Die ertragsteuerliche Organschaft gilt unter Steuerspezialisten in vielfacher Hinsicht als besonders komplex. Nicht nur in verfahrensrechtlichen Dingen verlangt die Verbindung einer Organgesellschaft (zwingend Kapitalgesellschaft) mit einem Organträger (nicht zwingend, aber in der Regel eine Kapitalgesellschaft) dem steuerlichen Berater einiges ab. So stellt zum Beispiel die Behandlung organschaftlicher und vororganschaftlicher Differenzen zwischen Handels- und Steuerbilanz ein permanentes Streitfeld zwischen Finanzamt, Steuerpflichtigen (Steuerberatern) und Finanzgerichten dar.
Beispiel: Im Jahr 2017 bildet eine Tochter-Kapitalgesellschaft eine Drohverlustrückstellung, die steuerlich nicht anerkannt wird. Folglich ist der steuerliche Gewinn 2017 höher als der handelsrechtliche Jahresüberschuss. Ab 01.01.2018 ist die Tochter-Kapitalgesellschaft eine ertragsteuerliche Organgesellschaft ihrer Muttergesellschaft. Der Verlust ist wie erwartet 2018 eingetreten.
In diesem Fall ist der steuerliche Gewinn 2018 niedriger als der handelsrechtliche Jahresüberschuss, den die Organgesellschaft an den Organträger abführen muss. Es handelt sich somit um eine sogenannte Mehrabführung. Die Ursache dieser Mehrabführung liegt aber vor dem Beginn der Organschaft, sie ist also eine vororganschaftlich verursachte Mehrabführung.
Nachdem die Behandlung einer solchen Mehrabführung jahrelang sehr strittig gewesen ist, schreibt das Körperschaftsteuergesetz seit 2004 vor, dass solche Mehrabführungen als Gewinnausschüttungen der Organgesellschaft an ihre Muttergesellschaft gelten. Das Gesetz, das diese Fiktion einführte, wurde erst am 09.12.2004 veröffentlicht, sollte aber für das ganze Jahr 2004 gelten. Vor dem Bundesverfassungsgericht (BVerfG) ist nun in zwei Verfahren die Frage anhängig, ob es sich dabei um eine verbotene Rückwirkung handelt.
Das Institut der Wirtschaftsprüfer in Deutschland e. V. (IDW) hat zu den Verfahren Stellung genommen und dafür plädiert, die Normen als verfassungswidrig einzustufen. Es bleibt abzuwarten, wie das BVerfG die Sachlage beurteilt.